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<div class="WordSection1">

<p class="MsoNormal">FYI This biodiversity resource sounds neat!<o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal">-Kathe<o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

<div>

<p class="MsoNormal"><span style="color:black">----<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Kathe Todd-Brown</span><o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal">(she/they)<o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Assistant Professor<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-family:-webkit-standard;color:black">Environmental Engineering Sciences<o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class="MsoNormal"><span style="color:black">University of Florida</span><o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><b><span lang="FR" style="font-size:12.0pt;color:black">From:

</span></b><span lang="FR" style="font-size:12.0pt;color:black">agroportal-users-request@lirmm.fr <agroportal-users-request@lirmm.fr> on behalf of VACHEZ, Dominique <Dominique.VACHEZ@inist.fr><br>

<b>Date: </b>Tuesday, August 9, 2022 at 09:49<br>

<b>To: </b></span><span lang="FR" style="font-size:12.0pt">[[removed for brevity]]<span style="color:black"><br>

<b>Subject: </b>[agroportal-users] Launching the BIODIVERSITY THESAURUS version 2.0<o:p></o:p></span></span></p>

</div>

<p class="MsoNormal">Dear users and specialists in semantics for ecology and biodiversity,<span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"> <span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal">We are pleased to announce the release of the new edition 2.0 of the Biodiversity Thesaurus. It is the result of a complete revision of the previous version 1.2 (managed with VocBench3 editor), and is still fully bilingual.<span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal">The 827 concepts are grouped in 82 collections, by semantic categories, thematic fields and EBV classes (essential biodiversity variables) and concern all terrestrial and aquatic ecosystems.<span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal">Version IRI: <a href="http://data.loterre.fr/ark:/67375/BLH/2.0">

http://data.loterre.fr/ark:/67375/BLH/2.0</a>  ; permalink (SKOS): <a href="https://www.loterre.fr/biodiversite-2/">

https://www.loterre.fr/biodiversite-2/</a><span style="color:black"> </span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"> <span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal">Compared to the 2020 version, it has been enriched by 212 concepts, 1000 alternative/synonymous terms and 2450 hidden terms, with a redesigned hierarchical structure, reducing the number of top-level concepts by half. Sources of definitions

 have been checked and updated, with additional notes for polysemous terms or emerging concepts. Alignments (made with OnAGUI) were completed with recent versions of AGROVOC (2022) and GEMET (2021)] and achieved with two new semantic resources: ENVTHES thesaurus

 and ENVO ontology.<span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal">The thesaurus V.2.0 is freely browsable and downloadable (SKOS-RDF/XML, SKOS-Turtle,

<a href="https://www.loterre.fr/science-de-la-vie-sante/biodiversite/">CSV</a>, <a href="https://www.loterre.fr/wp-content/uploads/2022/07/Biodiversite_eng.pdf">

PDF</a>) on <a href="https://skosmos.loterre.fr/BLH/en/">Loterre</a> platform (Linked open terminology resources) with multilingual Skosmos UI displaying groups/collections.

<span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal">It is made available (BIODIVTHES) on <a href="http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/BIODIVTHES">

AgroPortal</a> (English search only) and <a href="http://ecoportal.lifewatch.eu/ontologies/BIODIVTHES">

LifeWatch EcoPortal</a> (English/French search), both showing hidden labels but not displaying collections.<span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal">The metadata are also accessible via <a href="https://fairsharing.org/FAIRsharing.A29ckB">

FAIRsharing</a>, BARTOC and the <a href="https://i-adopt.github.io/terminologies/">

I-ADOPT Catalogue of Terminologies</a>.<span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal">This new version has been recorded as a lexical/conceptual resource in the

<a href="https://live.european-language-grid.eu/catalogue/lcr/13067">European Language Grid</a> platform and added in

<a href="https://hdl.handle.net/11403/tbiodiversite">Ortolang</a> repository.<span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="color:black;mso-fareast-language:FR"> </span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="color:black;mso-fareast-language:FR">As a domain-specific terminology  with an interdisciplinary scope, Biodiversity Thesaurus is positioned at an intermediate level between general multilingual

 vocabularies and specialized/monolingual databases vocabularies. For this reason, it can constitute a bridge of thematic/overarching concepts contributing towards harmonization and mapping of semantic assets on ecology and biodiversity, and thus fostering

 semantic annotation and data integration. </span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="color:black;mso-fareast-language:FR">Leveraging its bilingualism and synonymic richness, this could be done through alignment functionalities with other environmental terminologies in EcoPortal or

 AgroPortal.</span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="color:black;mso-fareast-language:FR">The hierarchical relationships between concepts are intended to be only generic, partitive or instantial (in accordance with ISO 25964), which brings it closer

 to a knowledge organization system or an onto-terminology.</span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="color:black;mso-fareast-language:FR"> </span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="color:black;mso-fareast-language:FR">Initially,

</span>Biodiversity Thesaurus is a linked open terminology resource facing semantic heterogeneity of biodiversity databases and information systems. It is intended to enrich data description, focusing on the basic key concepts of ecological and environmental

 entities or parameters related to biodiversity conservation, from gene level to global scale of Earth system. On the other hand, it is not addressing geographical, chemical, soil or taxonomical nomenclatures.<span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal">An associated documentation has been archived in HAL: <span lang="FR">

<a href="https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02907484v2"><span lang="EN-US">https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02907484v2</span></a><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal">(in related file, the recently updated inventory of "<span lang="FR"><a href="https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02907484v2/file/RESSOURCES%20SEMANTIQUES%20ET%20TERMINOLOGIQUES%20EN%20SCIENCES%20DE%20L%27ENVIRONNEMENT%20ET%20DE%20LA%20BIODIVERSITE_28.07.2022.pdf"><i><span lang="EN-US">Semantic

 and Terminology Resources in Environmental and Biodiversity Sciences</span></i></a></span>").<span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"> <span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal">The objective is therefore to promote semantic interoperability ("I" of FAIR) and knowledge representation through the use of a controlled vocabulary which itself complies with the FAIR principles (I2 FAIR sub-principle), as defined by

 the RDA I-ADOPT working group, AgroPortal (Ontology FAIRness evaluator), EcoPortal (S4BioDiv 2021) or by the eLTER network for the FAIRer description of environmental datasets.

<span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal">See also: <span lang="FR"><a href="https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03264850"><span lang="EN-US">https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03264850</span></a><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"> <span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="color:black;mso-fareast-language:FR">Don't hesitate to send us your remarks if you notice any inconsistency or anomaly, so that we can take them into account in a future version and improve its FAIRness.</span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="color:black;mso-fareast-language:FR"> </span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="FR" style="color:black;mso-fareast-language:FR">Kind regards.</span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<div style="border:none;border-bottom:solid windowtext 1.0pt;padding:0in 0in 1.0pt 0in">

<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="FR" style="color:black;mso-fareast-language:FR"> </span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="FR" style="color:black;mso-fareast-language:FR"> </span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="FR" style="color:black;mso-fareast-language:FR">Nous avons le plaisir d'annoncer la parution de la nouvelle �dition 2.0 (2022) du Th�saurus de la Biodiversit�. Elle est le r�sultat d'une r�vision

 compl�te de la pr�c�dente version 1.2. , g�r�e avec VocBench3, et toujours enti�rement bilingue.</span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="FR" style="color:black;mso-fareast-language:FR">Les 827 concepts sont regroup�s en 82 collections, par cat�gories s�mantiques, domaines th�matiques et classes de VEB (variables essentielles de biodiversit�)

 et concernent tous les �cosyst�mes terrestres et aquatiques, de l'�chelle du g�ne � celle de l��cosph�re.

</span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="FR" style="color:black;mso-fareast-language:FR">URI :

</span><span lang="FR"><a href="http://data.loterre.fr/ark:/67375/BLH">http://data.loterre.fr/ark:/67375/BLH</a> ; permalien SKOS :

<a href="https://www.loterre.fr/biodiversite-2/">https://www.loterre.fr/biodiversite-2/</a><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="FR" style="color:black;mso-fareast-language:FR"> </span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="FR" style="color:black;mso-fareast-language:FR">Par rapport � la version 2020, elle s'est enrichie de 212 concepts, 1000 termes alternatifs/synonymes et 2450 termes cach�s suppl�mentaires, avec une

 structure hi�rarchique refondue, r�duisant de moiti� le nombre de concepts de plus haut niveau. Les sources des d�finitions ont �t� v�rifi�es et actualis�es, accompagn�es de notes pour certains termes polys�miques ou des concepts �mergents. Les alignements

 (effectu�s avec OnAGUI) ont �t� mis � jour avec les versions r�centes d'AGROVOC (2022) et GEMET (2021)] et r�alis�s avec deux nouvelles ressources s�mantiques : ENVTHES et ENVO.</span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="FR" style="color:black;mso-fareast-language:FR">Le th�saurus est librement consultable (interface multilingue Skosmos avec affichage des groupes/collections) et t�l�chargeable sur la plateforme

</span><span lang="FR"><a href="https://skosmos.loterre.fr/BLH/fr/"><span style="mso-fareast-language:FR">Loterre</span></a></span><span lang="FR" style="color:black;mso-fareast-language:FR"> (formats

</span><span lang="FR">SKOS-RDF/XML, SKOS-Turtle, <a href="https://www.loterre.fr/science-de-la-vie-sante/biodiversite/">

CSV</a>, <a href="https://www.loterre.fr/wp-content/uploads/2022/07/Biodiversite_fre.pdf">

PDF</a>).<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="FR" style="color:black;mso-fareast-language:FR">Il est par ailleurs publi� (BIODIVTHES) sur

</span><span lang="FR"><a href="http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/BIODIVTHES"><span style="mso-fareast-language:FR">AgroPortal</span></a></span><span lang="FR" style="color:black;mso-fareast-language:FR"> (recherche en anglais) et

</span><span lang="FR"><a href="http://ecoportal.lifewatch.eu/ontologies/BIODIVTHES"><span style="mso-fareast-language:FR">LifeWatch EcoPortal</span></a></span><span lang="FR" style="color:black;mso-fareast-language:FR"> (recherche en fran�ais/anglais), tous

 deux montrant les termes cach�s mais sans affichage des collections.</span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="FR" style="color:black;mso-fareast-language:FR">Les m�tadonn�es sont �galement accessibles sur

</span><span lang="FR"><a href="https://fairsharing.org/FAIRsharing.A29ckB"><span style="mso-fareast-language:FR">FAIRsharing</span></a></span><span lang="FR" style="color:black;mso-fareast-language:FR">, BARTOC et

</span><span lang="FR">le catalogue de terminologies <a href="https://i-adopt.github.io/terminologies/">

I-ADOPT</a>.<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:FR">Cette nouvelle version a �t� enregistr�e dans la plateforme de ressources lexicales/conceptuelles

</span><span lang="FR"><a href="https://live.european-language-grid.eu/catalogue/lcr/13067">European Language Grid</a>, et ajout�e dans le r�servoir

<a href="https://hdl.handle.net/11403/tbiodiversite">Ortolang</a>.<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:FR"> </span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:FR">En tant que th�saurus de domaine � vis�e interdisciplinaire, il se situe � un niveau interm�diaire entre les vocabulaires g�n�ralistes multilingues et ceux des bases de donn�es sp�cialis�es

 et </span><span lang="FR">peut servir de passerelle entre diff�rentes communaut�s, faciliter l'acc�s aux portails de m�tadonn�es, favoriser l�annotation et l�int�gration des donn�es d��cologie et de biodiversit� ou l�indexation s�mantique de publications scientifiques</span><span lang="FR" style="mso-fareast-language:FR">.</span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:FR">Il constitue de ce fait une couche de concepts-cl�s ou g�n�raux susceptibles de contribuer � l'harmonisation et � l��change de donn�es ouvertes relatives � l�environnement. De plus, en exploitant

 son bilinguisme et sa richesse synonymique, il est possible de mettre � profit les fonctionnalit�s d'alignement avec d�autres ressources terminologiques pr�sentes sur EcoPortal ou AgroPortal.</span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:FR">Les relations hi�rarchiques entre concepts se veulent uniquement de type g�n�rique, partitif ou instance (conform�ment � ISO 25964), ce qui le rapproche d�un syst�me d�organisation des connaissances

 ou d�une onto-terminologie.</span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:FR"> </span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:FR">Ce th�saurus a ant�rieurement �t� �valu� par le CEFE (INEE) et le CESAB (FRB) au sein du GDR S�manDiv, pr�sent� � divers s�minaires et r�unions (IndexMed, SIST, LIBER, Agence Fran�aise pour

 la Biodiversit�,e-ENVIR) et propos� comme vocabulaire contr�l� dans diff�rents guides de saisie de m�tadonn�es : MITI du CNRS, Data InDoRES (MNHN /BBEES) ou encore le r�seau des Zones Ateliers (BED-RZA,

</span><span class="tex2jaxprocess"><span lang="FR">Zone Atelier Armorique</span></span><span lang="FR" style="mso-fareast-language:FR">).

</span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:FR">Une documentation associ�e est d�pos�e dans HAL :

</span><span lang="FR"><a href="https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02907484v2"><span style="mso-fareast-language:FR">https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02907484v2</span></a><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:FR">(en annexe l�inventaire 2022 des � </span><span lang="FR"><a href="https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02907484v2/file/RESSOURCES%20SEMANTIQUES%20ET%20TERMINOLOGIQUES%20EN%20SCIENCES%20DE%20L%27ENVIRONNEMENT%20ET%20DE%20LA%20BIODIVERSITE_28.07.2022.pdf"><span style="mso-fareast-language:FR">Ressources

 s�mantiques et terminologiques en sciences de l�environnement et de la biodiversit�</span></a></span><span lang="FR" style="mso-fareast-language:FR"> � vient d��tre mis � jour).</span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:FR"> </span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR">Le but est donc de favoriser l'interop�rabilit� s�mantique ("I" de FAIR) et la repr�sentation des connaissances, par l'usage d�un r�f�rentiel terminologique respectant lui-m�me les principes FAIR, tels que d�finis entre

 autres par le groupe de travail RDA I-ADOPT pour les propri�t�s observables, AgroPortal (Ontology FAIRness evaluator), EcoPortal (S4BioDiv 2021) ou par le r�seau eLTER pour l'annotation des jeux de donn�es environnementales.<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR">(voir aussi : <a href="https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03264803">

https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03264803</a><span style="color:black">)</span><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR"> <o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR">A ce titre, le th�saurus pourrait s'inscrire dans la d�marche du projet GAIA Data visant � d�velopper un dispositif global d�acc�s � des donn�es, produits et services FAIR, et qui englobera Data Terra ainsi que le PNDB (P�le

 national de donn�es sur la biodiversit�).<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR">Il peut �galement int�resser d'autres infrastructures telles que le Syst�me d'information sur la biodiversit� (SIB), l�OFB, l�OSU OREME, GBIF-France, ou BiodiFAIRse (GO FAIR).<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR"> <o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR">Enfin, n'h�sitez pas � nous transmettre vos remarques si, en tant que sp�cialistes du domaine ou du web s�mantique, vous constatez des incoh�rences ou des anomalies, de mani�re � pouvoir en tenir compte dans une prochaine

 version.<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR"> <o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR">Bien � vous.<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:FR">Dominique</span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:FR"> </span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<table class="MsoNormalTable" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="border-collapse:collapse">

<tbody>

<tr>

<td width="85" valign="top" style="width:63.4pt;padding:0in 5.4pt 0in 5.4pt">

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</td>

<td width="407" valign="top" style="width:305.15pt;padding:0in 5.4pt 0in 5.4pt">

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</td>

</tr>

<tr>

<td width="85" valign="top" style="width:63.4pt;padding:0in 5.4pt 0in 5.4pt">

<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:FR"><img border="0" width="64" height="64" style="width:.6666in;height:.6666in" id="Image_x0020_2" src="cid:image003.jpg@01D8AC07.234FA3C0"></span><o:p></o:p></p>

</td>

<td width="407" valign="top" style="width:305.15pt;padding:0in 5.4pt 0in 5.4pt">

<p class="MsoNormal">M. Dominique Vachez<o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal">Service Ing�nierie terminologique / Terminology Engineering Unit<o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal">D�partement Analyser et fouiller l'information scientifique<o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal">Institut de l�Information Scientifique et Technique du CNRS<o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal">Inist � CNRS<o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal">2, rue Jean Zay <o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal">54519 Vandoeuvre-l�s-Nancy (France)<o:p></o:p></p>

</td>

</tr>

</tbody>

</table>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:FR"> </span><span lang="FR"><o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR"> <o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="FR"> <o:p></o:p></span></p>

</div>

</body>

</html>